基于SLAF測序分析3個塔形馬蹄螺群體的遺傳結構和多樣性

作者：黃景,歐澤奎,劉文廣,何毛賢

摘要：塔形馬蹄螺(Tectus pyramis),海洋軟體動物,廣泛分布于中國深圳大鵬灣、海南島、西沙和南沙群島的珊瑚礁生態系統中。文章采用特異性位點擴增片段簡化基因組測序技術(SLAF-seq)對來自深圳(SZ)、三亞(SY)和西沙(XS)的塔形馬蹄螺群體的遺傳多樣性和結構進行分析。通過測序共獲得115.74Mb讀長數據,平均測序深度為337.87倍,測序質量值(Q30)平均為94.07%。研究獲得118679個多態性SLAF標簽,獲得846502個高度一致的群體單核苷酸多態性位點(SNPs),其中有155個顯著差異SNPs。3個群體的平均觀察雜合度(Ho)和期望雜合度(He)值分別為0.1441~0.1611和0.2537~0.2695。平均多態性信息含量(PIC)為0.2048~0.2176。通過系統發育樹分析、主成分分析和聚類分析,將45個個體大致分為3個類群,每個群體的所有個體都可以聚類成一個類群。SZ和SY群體的遺傳結構相似,遺傳距離最低(0.2510),遺傳分化系數Fst值最低(0.0818)。但XS與其他兩個群體間的遺傳分化明顯,尤其是XS和SZ群體(Fst=0.1868)。3個群體的遺傳分化可能與海流和地理位置有關。

發文機構：中國科學院南海海洋研究所 中國科學院大學

關鍵詞：特異性位點擴增片段塔形馬蹄螺(Tectuspyramis)遺傳結構種質資源specific locus amplified fragment sequencingTectus pyramisgenetic structuregermplasm resource

分類號： P735.54[天文地球—海洋生物學]