基于高通量測序的黃姑魚轉錄組從頭組裝和基因注釋分析

作者：王余菊,婁方瑞,水柏年

摘要：為了進一步挖掘黃姑魚的基因數據庫資源,本研究采用高通量測序技術對采自舟山的黃姑魚進行了全轉錄組測序,獲取了42 809 266條Clean Reads。Clean Reads通過從頭組裝并進一步聚類為32 623條Unigenes,平均長度和N50分別為1 646 bp和2 777 bp。利用國際上7個主要的基因注釋數據庫(Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-prot、KEGG和GO)對所有的Unigenes進行基因功能分析,共有28 645條Unigenes在至少以上一個數據庫中成功獲得注釋信息。而后將所有的Unigenes進行蛋白庫比對和estscan軟件預測,共獲得30 382個CDS;分子標記篩查后共得到了29 022個潛在的SSRs。作為一項重要的研究基礎,本研究提供的轉錄組信息有助于為黃姑魚的分子水平研究提供新的認識。

發文機構：浙江海洋大學水產學院 中國海洋大學水產學院

關鍵詞：黃姑魚轉錄組從頭組裝基因注釋編碼序列簡單重復序列標記Nibea albifloratranscriptomede novo assemblygene annotationCDSSSR

分類號： S917[農業科學—水產科學]