基于基因組和轉錄組數據的甲殼類系統發育研究

作者：孫善肖,韓志強

摘要：甲殼類是節肢動物的一個亞門,在水生環境中占主導地位,在生態學和漁業中具有重要的地位。在過去的十多年間,利用基因序列探討甲殼綱深層次的系統發育關系已取得初步進展,但是大多數系統發育研究是基于線粒體基因和少量的核基因進行的。隨著高通量測序的普及,利用轉錄組和基因組數據研究物種間系統發育關系已成為可能。篩選足夠的單拷貝基因是構建可信系統發育樹的關鍵。本文根據BUSCO建立的節肢動物1 066個單拷貝的直系同源數據庫,利用hmmsearch將甲殼綱的10個物種的氨基酸序列與之比對,最終篩選出346個直系同源單拷貝基因,并以此構建了系統發育樹,討論了等足目、端足目、哲水蚤目、枝角目和十足目的系統發育關系,包括十足目對蝦科的亞屬劃分問題。本文建立的基于基因組和轉錄組構建系統發育樹的方法為其他物種系統發育關系的討論提供了重要的方法參考。

發文機構：浙江海洋大學水產學院

關鍵詞：甲殼類基因組轉錄組直系同源系統發育crustaceansgenometranscriptomeorthologyphylogenesis

分類號： S917[農業科學—水產科學]