金錢魚基因組微衛星分布特征分析及多態性標記開發

作者：王耀嶸,楊尉,任席林,江東能,鄧思平,陳華譜,朱春華,李廣麗

摘要：【目的】研究金錢魚(Scatophagus argus)全基因組微衛星分布特征,篩選高多態性微衛星(SSR)標記。【方法】利用MISA軟件對金錢魚基因組中微衛星進行篩選并分析分布特征,利用聚丙烯酰胺凝膠電泳和毛細管電泳篩選高多態性位點。【結果與結論】金錢魚基因組總共挖掘390967個SSR位點,相對豐度為653個/Mb。二堿基重復類型最多(52.64%),微衛星標記整體偏向A+T堿基組合。篩選出23對多態性標記位點,其中7對的等位基因數為4~11,期望雜合度為0.431~0.859,觀測雜合度0.417~0.861,多態性含量為0.389~0.830。經Bonferroni校正后,5個位點符合哈德溫伯格平衡,且位點間不存在連鎖不平衡現象。

發文機構：廣東省名特優魚類生殖調控與繁育工程技術研究中心//廣東海洋大學水產學院 陽江職業技術學院食品與環境工程系

關鍵詞：金錢魚基因組survey測序微衛星標記開發Scatophagus argusgenome survey sequencingmicrosatelliteSSR mining

分類號： Q78[生物學—分子生物學]Q959.483[生物學—動物學]