基于轉錄組測序的方斑東風螺單核苷酸多態性位點挖掘及功能注釋

作者：王菁,劉付柏,許尤厚,黃寶松,王忠良

摘要：【目次】了解方斑東風螺中響應LPS刺激的SNP位點及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能。【方法】使用SOAPsnp軟件分析不同時間條件下轉錄組數據中的SNP位點,使用GO、COG和KEGG數據庫進行功能注釋。【結果】轉錄組數據中共挖掘到673 782個SNP位點,分布在110 869條SNP-unigenes序列上。SNP類型分析表明,轉換位點發生的頻率遠高于顛換位點,且6種單堿基變異類型中以A/G轉換發生概率最大。有5866條SNP-unigenes富集到298個KEGG子集中,其中以"內吞作用"子集中富集的SNP-Unigenes最多,共富集182條。

發文機構：廣東海洋大學水產學院 廣西北部灣海洋生物多樣性養護重點實驗室

關鍵詞：方斑東風螺單核苷酸多態性轉錄組測序Babylonia areolataSNPRNA-seq

分類號： S917.4[農業科學—水產科學]Q75[生物學—分子生物學]